Por decisión de la Junta Directiva de la Fundación Educativa de Tercer Milenio, y previa aceptación del organismo respectivo en la Corporación Empresarial ProSUR, el Colegio Tercer Milenio hace parte desde junio de esta agremiación que trabaja por el desarrollo del sur del Valle de Aburrá y la entrada al Suroeste, el municipio de Amagá.
Poniendo en práctica el concepto de Responsabilidad Social Territorial, ProSUR moviliza capacidades empresariales, institucionales y comunitarias como camino a la sostenibilidad de esta importante porción del territorio antioqueño.
Con el trabajo con ProSUR y sus 52 entidades afiliadas, el Colegio Tercer Milenio pone en práctica su compromiso de hacer parte de las vías de solución para las problemáticas locales y regionales, aportando desde su quehacer educativo y nutriéndose de las perspectivas diversas que otorga la sinfonía de voces participantes de esta agremiación.
Además de ProSUR, el Colegio Tercer Milenio está afiliado a la Confederación Nacional Católica de Educación (Conaced). Asimismo, participa en la Junta Municipal de Educación de Caldas y, en representación de esta, en el Consejo Municipal de Cultura.